Entsprechend den Vorstellungen des Arten- und Biotopschutzprogrammes soll das Schwattachfilz nach Beendigung des Torfabbaues als ökologisch leistungsfähiger Lebensraumkomplex optimiert und gesichert werden. Dabei ist auch der Biotopverbund mit dem nördlich gelegenen Ammersee-Südufer zu berücksichtigen.

Insgesamt soll der Norden des Schwattachfilzes nach wie vor der landwirtschaftlichen Nutzung vorbehalten bleiben, während die südlicheren Bereiche auf größeren Flächen nach naturschutzfachlichen Gesichtspunkten gepflegt und regeneriert werden sollen.

Im südlichen Randbereich des Moores hat die Sicherung und Erweiterung extensiv genutzter Feuchtwiesenökosysteme Vorrang. So sollen die dortigen Streu- und Naßwiesen durch pflegliche Nutzung erhalten und durch Extensivierung der angrenzenden Flächen in ihrem Bestand vergrößert werden.

In den zentraleren Bereichen des Schwattachfilzes soll dagegen versucht werden, durch Grabenanstau eine partielle hydrologische Sanierung der grabenbegleitenden Handtorfstiche (meist Birkenmoorwälder) zu erreichen. Die Zielsetzung ist hierbei, auf längere Sicht wieder ein - wenigstens punktuelles - Moorwachstum durch die spontane Wiederansiedlung torfbildender Vegetation (z.B. Seggen, Torfmoose) in Gang zu bringen. Ein weiterer Ausgangspunkt für ein derartiges Moorwachstum kann sich eventuell in den Verlandungsbereichen der Abbaugewässer (Großseggenriede etc.) bilden, die der natürlichen Sukzession überlassen werden sollen.

Höhergelegene Geländeniveaus können auf absehbare Zeit nicht vernäßt werden, weil dies einen großflächigen, regenerationsfeindlichen Überstau tiefgelegener Flächen bedingen würde. Die einzige andere Möglichkeit für eine großflächige hydrologische Sanierung wäre ein erneuter - flächendeckender - Torfabbau mit dem Ziel, alle Flächen auf ein einheitliches Niveau abzubauen. Auf diese Weise könnten sowohl Überstau als auch trockenbleibende Flächen vermieden werden. Diese Lösung scheidet jedoch schon allein wegen der Massivität der mit ihr verbundenen Eingriffe aus.

Das geplante künftige Erscheinungsbild des Schwattachfilzes wird sich zum erheblichen Teil am jetzigen Bestand orientieren. Verschiedene Flächen im Kernbereich des Moores sollen allerdings längerfristig durch Grabenanstau hydrologisch saniert werden. Auf diesen Flächen und den Abbaugewässern soll auf längere Sicht grundsätzlich keine Nutzung oder Pflege stattfinden. Südlich angrenzend an diese "Moorregenerationszone" soll sich eine extensiv genutzte Kulturlandschaft anschließen, in der Streu- und Naßwiesen wieder wesentlich größeren Raum einnehmen als dies gegenwärtig der Fall ist. Weite Bereiche insbesondere im Norden des Schwattachfilzes sollen auch künftig der landwirtschaftlichen Intensivnutzung vorbehalten bleiben.